Alerjinin tüm nedenleri arasında, polen en yaygın olanıdır. Ağaçlar, otlar ve çimenler tohum üretimi için bol miktarda polen ortaya çıkarır. Bu polenler rüzgarla taşınır ve sıklıkla istenen hedeflere ulaşmazlar. Bunun yerine solunarak burun ve boğazdan içeri çekilirler. Farklı bitkiler polenlerini yılın farklı zamanlarında serbest bırakır, bu nedenle de saman nezlesi belirtileri, hangi bitkilerin tepki oluşturduğuna bağlı olarak kişiden kişiye farklılık gösterir.
Saman nezlesi olan kişilerde, içe çekilen polen taneleri vücut tarafından yabancı istilacılar olarak görülür. Bu ise muhtemelen bağışıklık sistemindeki fonksiyon bozukluğuna bağlıdır. Bağışıklık sistemindeki mast hücreleri histamin de dahil aşırı reaktif kimyasal granüller için bir saklama kabı gibi davranır. Alerjenler bu granüllerin serbest bırakılmasını tetikler ve mast hücreleri kimyasallarını yakınlarındaki kan damarları ve sinir hücrelerine döker. Histamin, sıvıların çevre dokulara kaçmasını sağlayacak şekilde kan hücrelerini genişletir. Bu ise şişmeye, sıvının dokularda birikmesine, burun ve gözlerin kızarmasına neden olur. Histamin aynı zamanda ağrı reseptörlerini de uyarır ve saman nezlesinin yaygın belirtileri olan burun, gözler ve boğazda kaşıntı ve rahatsızlığa neden olur.
Aslında herhangi bir ağaç ya da çimen saman nezlesine neden olabilse de, gösterişli çiçekleri olan bitkilerin genellikle uçuşmaya çok da müsait olmayan yapışkan polenleri bulunur. Kuzey Amerika bitkileri arasında yabani otlar alerjenik polenler konusunda en üretken olanlardır. Ambrosia (ragweed) başlıca zanlıdır, ancak rutin olarak saman nezlesinden mustarip kişileri etkileyen bitki polenleri arasında artemisia (sagebrush), kaz ayağı (lamb’squarter), Rus devedikeni (thistle) ve İngiliz sinirotu (plantain) yer alır. Çimenler arasında timothy çimi, Kentucky çimi, Johnson çimi, Bermuda çimi, aktovus (redtop) otu, domuzayrığı (orchard) otu ve kokulu çayırotu (sweet vernal grass) yer alır. Alerjenik polenler üreten ağaçlar arasında ise meşe, dişbudak, karaağaç, Kuzey Amerika cevizi, pekan cevizi, box elder ve dağ selvisi yer alır.