Alerjenler, hapşırma, burun akıntısı, saman nezlesine bağlı (alerjik rinit) göz kaşıntısı ve kanlanmasına neden olur. Alerjenler, akciğer zarını etkileyerek astıma neden olabilir ya da gözlerde konjonktivayı etkileyerek, konjonktivite (göz kızarıklığına) yol açabilir.
Gıdalardaki alerjenler, dudaklar ve boğazda kaşıntı, şişme, kramp ve ishale neden olabilir. Kana karıştığında ürtikere veya deride, mukoz zarlarda, organlar ve beyinde; tekrarlayan, iltihaplı olmayan şişlikler (anjiyo ödem) gibi daha şiddetli reaksiyonlara neden olabilir.
Hava yollarındaki konstrüksiyon (daralma) ve kan basıncında düşme ile kendini gösteren, potansiyel olarak hayati tehdit oluşturan bir durum olan anafilaksiye neden olabilir.
Deri ile temas halinde, alerjenler kontakt dermatit denilen deride kızarıklık, kaşıntı ve kabarma oluşmasına neden olabilir. Cilt reaksiyonları solunum yolları veya gastrointestinal sistem aracılığıyla giren alerjenlerden de kaynaklanabilir. Bu reaksiyon türü, atopik dermatit olarak bilinir.
Böcek ısırıkları ve sokmaları veya ilaçların enjeksiyonu ile alerjenler doğrudan dolaşıma karışabilir, bu da sistemin genelinde tepkilerin (anafilaksi dahil) yanı sıra enjeksiyon yerinde şişme ve tahriş gibi lokal tepkilere neden olabilir.
Alerjisi olan kişiler, tüm alerjenlere karşı aynı derecede duyarlı değildir. Alerjiler zamanla kötüleşebilir. Örneğin çocuklukta, Yakup otu alerjisi ilerleyerek tüm yıl boyunca toz ve polen alerjisine dönüşebilir. Öte yandan, kişi alerjik duyarlılığını kaybedebilir. Bebek ya da çocukluk atopik dermatiti, hemen hemen bütün insanlarda zamanla kaybolur. Ancak çoğunlukla hassasiyet kaybı gibi görünen şey, bunun yerine alerjenlere daha az maruz kalma veya aynı düzeyde belirtilere artan toleranstır.