Manyetik terapinin tarihi, kadim Mısır’a dek götürülebilir. Mıknatısların çok uzun zamandır kas ağrısı ve sertliğini iyileştirme gücü bulunduğuna inanılmaktadır. Çinli şifacıların daha M.Ö. 200’lü yıllarda qi ya da enerji akışındaki sağlıksız dengesizlikleri düzeltmek üzere mıknatıs taşları kullandıkları söylenir. Sarı İmparator’un Dahili Tıp Kitabı (The Yellow Emperor’s Canon of Internal Medicine) olarak bilinen Çin tıp metni bu işlemden bahsetmektedir. Vedalar ya da Hindu kutsal kitapları da mıknatıs taşlarıyla hastalıkların iyileştirildiğinden söz eder. "Mıknatıs taşı” ya da yön taşları kelimesi, bu taşların mıknatıs olarak kullanılmasından kaynaklanmaktadır. "Mıknatıs” kelimesi muhtemelen Grekçe Magnes lithos ya da Yunanistan’da manyetik taşlar bakımından zengin bir bölge olan "Magnesia’dan gelen taş” teriminden türemiştir. Grekçe bu kalıp daha sonraları Latince’de magneta halini almıştır. Sör William Gilbert’in 1600’lü yıllardaki bilimsel incelemesi, De Magnete, manyetizmanın doğasını ve bunun statik elektriğin çekim kuvvetinden nasıl ayrıldığını açıklama yönündeki ilk bilimsel girişim özelliği taşır. İddiaya göre Gilbert mıknatısları Kraliçe I. Elizabeth’in eklem ağrılarını hafifletmek için kullanmıştır. Manyetik terapiye çağdaş Amerikan ilgisi ise 1990’larda, birkaç profesyonel golfçü ve futbolcunun, bu araçların rahatsız edici ağrı ve yaralanmalarını tedavi ettiğine dair edindikleri deneyimler ile başlamıştır.
Yüzyıllar önce, dünya bugün olduğundan çok daha güçlü manyetik bir alan tarafından çevrelenmişti. Geçen 155 yılda, bilim adamları manyetik alanın azalışını ve bunun insan sağlığı üzerindeki etkilerini incelemektedir. Doktorlar, ilk kozmonot ve astronotların dünyanın manyetik alanının dışında, uzayda uzun bir süre kaldıklarında kemik kalsiyumunda kayıplar ve kas krampları yaşadıklarını fark etmişlerdi. Bu keşiften sonra, uzay kapsülleri içine yapay manyetik alanlar yerleştirilmiştir.