İlk görüşme sırasında, eğitmen hastanın duruşunu ve hareketlerini analiz eder ve özel bir eğitim programı tasarlar. Program oluşturulduktan sonra, seanslar genellikle temel bir modeli takip eder. Bir seans genellikle mat çalışması ve pasif ve aktif esneme ile başlar. Pasif esnemede, eğitmen hastanın vücudunu hareket ettirir, bastırır ve kasları uzatır. Aktif esnemede, eğitmen vücutlarının aldığı şekli ve solunumu izlerken hasta esnemeleri kendi uygular. Bu egzersizler, makineli çalışmaya hazırlıkta kasların ısınmasını sağlar. Makineler hastanın, her bir egzersiz için gereken doğru pozisyonunu korumasını sağlar. Joseph Pilates tarafından geliştirilen 500’den fazla egzersiz mevcuttur. New York’taki Pilates Stüdyosu’na göre, "klasik” egzersizler birkaç ilkeden oluşur. Bunlar konsantrasyon, odaklama, akıcı hareket ve solunumdur. Bazı eğitmenler yalnızca, Joseph Pilates tarafından öğretilen klasik egzersizleri öğretir. Diğerleri ise, egzersizleri belirli kişiler tarafından yapılabilir hale getirmek için bu klasik biçimlerin bir takım çeşitlemelerini tasarlamıştır.
Pilates için kullanılan başlıca iki egzersiz makinesi, Universal Reformer ve Cadillac’tır ve pek çok da küçük ekipman bulunur. Reformer tek kişilik bir yatağın iskeletine benzer ve öne arkaya hareket eden bir şaryo ile gerilim ve rezistansı düzenlemekte kullanılan ayarlanabilir bir yay ile donatılmıştır. Kablolar, barlar, kayışlar ve makaralar egzersizlerin çok çeşitli pozisyonlarda yapılmasını olanaklı kılar. Eğitmenler genellikle hastalarıyla makinede 20 ila 45 dakika kadar çalışırlar. Bu süre boyunca, hizalama, solunum ve hareketlerin doğruluğu hakkında gözlem ve geribildirim yaparlar. Egzersizler yavaşça ve dikkatlice yapılır böylelikle hareketler düzgün ve akıcı olur. Bu ise yoğun bir konsantrasyon ve kas kontrolü gerektirir. Seans, hafif esneme hareketleri ve soğuma periyoduyla son bulur. Eğitmenden, ister birebir isterse de sınıf içinde, temel bilgiler öğrenildikten sonra, videolar yoluyla evde antrenman yapmak da mümkündür. Evde yapılacak egzersizler için ekipmanlar da mevcuttur ve pek çok egzersiz bir mat üzerinde uygulanabilir.