Anal kanserin tedavisi, kanserin evresine, yayıldığı alana ve hastanın seçimine bağlı olarak değişkenlik gösterir.
Genellikle anal kanser tedavisinde kemoterapi ve radyoterapi beraber kullanılır. Bu iki tedavinin beraber kullanılması birbirinin etkilerini arttırmalarını sağladığı için tercih edilir.
Kemoterapi: Kemoterapi ilaçları ağızdan alınabilir ya da damar yoluyla uygulanır. Bu ilaçlar kanser hücreleri gibi çok hızlı büyüyen ve çoğalan hücreleri öldürerek etki ederler. Ancak vücutta kanser hücreleri haricinde saç folikülü hücreleri gibi hızlı büyüyen hücreler de mevcuttur. Bu nedenle saçların dökülmesine de sebep olmaktadırlar. Bunun haricinde mide bulantısı, kusma, güçsüzlük vs.. gibi diğer ciddi yan etkileri de mevcuttur.
Radyasyon Terapisi: Bu tedavi yönteminde genellikle X ışınları gibi yüksek kuvvetli ışınlar kullanılarak hücreler harap edilir. En belirgin yan etkileri: anüs bölgesinde yaralar, hassasiyet, kaşıntı, kızarıklık, sertleşme vs..
Genellikle radyasyon terapisi 5-6 hafta uygulanmakla beraber kemoterapi 1. Ve 5. Haftalar uygulanmaktadır. İki tedavinin beraber uygulanması tedavilerin gücünü arttırmasına karşın yan etkilerini de şiddetlendirebilir.
Cerrahi Operasyon:
Erken Evre Cerrahi Operasyonu: Oldıkça küçük ve anal kanal boyunca yayılmamış anal kanser türleri ufak bir cerrahi operasyon sayesinde çıkarılabilir. Bu operasyon esnasında cerrah tümörlü alan ve bunun etrafında bulunan bir miktar sağlıklı alanı operasyon ile çıkarabilir.
Geç Evre Cerrahi Operasyonu: Eğer anal kanser oldukça ilerlemiş ve rektum, kolon gibi diğer bölgelere de yayılmışsa bu yöntem tercih edilir. Abdominoperianal rezeksiyon adı verilen bu yöntemde anal bölge, rektum ve kolonun bir kısmı tamamen alınır. Dışkının dışarı atılabilmesi için ise karın bölgesine bir delik açılarak buraya kolostomi torbası bağlanır.