Doğal hijyen insan hayatının her yönüyle ilgilenir, çünkü –fiziksel, ruhsal ve ahlaki bakımdan– her şey kişinin ve toplumun sağlığını etkiler. Teoriye göre, insanların doğal içgüdülerine uymaları gerekir ve ancak kusursuz sağlıklarına kavuştukları zaman insan olarak da tam potansiyellerine ulaşabilirler. Doğal hijyen uzmanları insanlığın doğal olarak iyi ve erdemli olduğuna ancak sağlıklı bir hayat tarzının bütün ilkelerini takip etmedikçe, bu vasıfları sergileyemeyeceğine inanır. Doğal hijyen teorileri, amacına uygun olarak bu hayat tarzına bağlı kalması durumunda insanlığın kendi varlığının bütün seviyelerinde başarının zirvesine ulaşmasının mümkün olacağını iddia eder. Eğer doğru koşullar ve olanaklar sağlanırsa, insanın kendi yaradılışı içinde mükemmel olacağına, kendisini en uygun durumda tutabileceğine ve ihtiyaç duyulduğunda etkin biçimde kendini onarabileceğine ve genel sağlık durumuna kolaylıkla döneceğine inanılır. Saf su, yeterli dinlenme ve uyku, kolay ulaşılır bir biçimde tüm gerekli besinleri sağlayacak olan yüksek kalitede, kirletilmemiş yiyecekler genel sağlığın ön koşullarıdır. Bunların yanı sıra tatmin edici dostluklar, aşırı soğuktan, aşırı sıcaktan ve güneş ışınlarından korunma, yeterli egzersiz, hayatta bir amaç edinme ve genel anlamda insan hayatı ile ilgili iyi olan her şeye yardımcı bir atmosfer gereklidir. Doğal hijyen ile ilgili genel görüş, sağlıklı olmanın normal ve iyileşmenin satın alınamayacak bir biyolojik süreç olduğudur. Aynı doğal yasalar, kişinin hasta ya da sağlıklı olduğuna bakılmaksızın uygulanır ve sağlıklı bir kişiyi hasta eden bir yasa hasta bir kişiyi iyileştiremez. Sadece hastalığın belirtilerini tedavi eden allopatik tıp, çoğu durumda uzun vadede durumu aslında daha da kötüleştirir. Kabızlık çeken bir hastaya, kabızlığının altta yatan nedenini bulmak yerine müshil vermek bunun basit bir örneğidir. Zamanla müshiller bağırsakların tembelleşmesine neden olur ve böylece bu döngü devam eder. Doğal hijyen nedeni düzeltmeyi amaçlar.
Doğal hijyen rejimine başlarken ilk adım vücutta biriken toksinlerin temizlenmesidir. Bu işlem için dikkate alınması gereken birçok bakış açısı vardır. Genellikle, öncelikli olarak gastrointestinal sistem dikkate alınmalıdır ancak bunun yanı sıra insan organizmasının tam fonksiyonun sağlanabilmesi için cilt, karaciğer, safrakesesi, lenf sistemi, akciğerler, böbrekler ve mesanenin de bütünüyle detoksifiye edilmesi gereklidir. Her ne kadar başlıca mesele temizleme olsa da, doğal hijyen terapistleri, vücudun kendisini yeniden onarabilmesi için detoksifikasyon işlemi esnasında vücudun temiz hava, temiz su ve iyi yiyecekler almasının sağlanmasının da çok önemli olduğu hususuna dikkat çekmektedir. Yeniden onarım olmadan temizliğin vücudu ve bağışıklık sistemini güçsüzleştirebileceği konusunda kişileri uyarırlar.
Bunun pek çok varyasyonu vardır; ancak temel olarak bu, bir süre perhiz yapma ile vücudu çoğunlukla çift yönlü olarak hem temizleme hem de yeniden onarma etkisi olan sebze ve meyvelerle beslemeden meydana gelir. Genellikle yiyecekleri birleştirmek doğal hijyende beslenmenin önemli bir parçasıdır ve bir proteinli yiyeceğin asla nişastalı bir gıda ile birlikte yenilmemesini gerektirir. Bunlar, farklı öğünlerde tüketilmelilerdir ve öğünler arasında en az dört saat olmalıdır. Meyvenin tek başına yenilmesi önerilir ancak kolay sindirildiğinden, başka bir gıda tüketilmeden önce sadece yarım saat beklenmesi yeterlidir. Doğal hijyen hayat tarzını evde izlemek için üstlenilecek tek masraf, sıradan gıdalardan daha pahalı olan organik gıdaların maliyetidir. Ancak hastalar bir doğal hijyen kliniğine ziyaretten fayda sağlayacaklarını düşünüyorlarsa, doğal hijyen organizasyonlarından bilgi alabilir.