Hipnoterapinin, Antik Yunan ve Antik Mısır dönemine dayalı, iyileştirici bir uygulama olduğu düşünülmektedir. Musevilik, Hristiyanlık, İslam ve diğer birçok din, spiritüel veya ilahi bir terapi için hipnoz benzeri davranışları uygulamaktadır.
Avusturyalı Doktor Franz Mesmer (1734–1815), 1779 yılında farklı sağlık sorunlarının tedavisinde hipnoterapi fikrini, bilimsel olarak araştıran ilk kişi olarak kabul edilir. Mesmer Viyana Üniversitesi’nde tıp okudu ve 1766 yılında tıp diploması aldı. Mesmer’in psikolojik travma ve hastalıklar arasındaki ilişkiyi anlayan ilk doktor olduğuna inanılmaktadır. Mesmer, hastalarında sinir sistemi rahatsızlıklarını başarılı bir şekilde tedavi eden, "mesmerizasyon” olarak bilinen hipnoz benzeri bir teknik oluşturdu. Bu teknik, modern hipnoterapinin temellerini attı.
Mesmer’in asıl ilgisi, gök cisimlerinin insan yaşamındaki etkilerine ilişkindir. Mesmer daha sonra manyetizmanın etkileri ile ilgilendi ve mıknatısların insan vücudunda önemli iyileştirici etkilere sahip olduğunu tespit etti. Mesmer, insan vücudunda sağlık ve refahı sağlayan manyetik bir sıvı bulunduğuna inanıyordu ve manyetik sıvının normal akışındaki tıkanmanın hastalıklar ile sonuçlandığı ve Mesmerizm tekniklerinin vücuttaki normal akışı sağladığı düşünülüyordu. Mesmer bu tekniği ellerini hastanın üzerinde aşağı yukarı hareket ettirerek uyguluyordu. Tekniğin eldeki manyetik sıvıyı hastanın vücuduna ilettiği düşünülüyordu. Mesmer o zaman bunu fark etmese de, tedavileri bugün birincil psikosomatik olarak bilinen sağlık durumları üzerinde etkiliydi.
Mesmer’in teknikleri hastalarının tedavisinde oldukça etkili görünüyordu; fakat Mesmer, tıbbi çevreler tarafından hor görüldü ve eleştiriler aldı. Mesmerizm ile ilgili tüm çelişkili kanılar ve Mesmer’in kişiliğinin oldukça tuhaf olması nedeniyle, Mesmer’in tekniklerini ve prosedürlerini incelemek üzere bir komisyon toplandı. Seçkin komisyon araştırmacıları arasında Benjamin Franklin, Fransız kimyacı Antoine- Laurent Lavoisier ve Doktor Jacques Guillotin yer alıyordu. Komisyon hastanın sağlık durumunda fark edilir bir iyileşme olmadığını bildirdi ve Mesmer’in fikirleri tıbbi şarlatanlık olarak kabul edilip reddedildi. Bu alandaki James Braid ve James Esdaile gibi diğer öncüler, hipnozun cerrahi müdahale için hastalar üzerinde anestezi görevi üstlenerek başarılı bir şekilde kullanılabileceğini keşfetti. James Braid tesadüfen hastalarından birisinin göz muayenesini beklerken, belirli bir ışık noktasına bakarak hipnotik duruma girdiğini fark etti. Mesmerizm itibarını yitirdikten sonra Braid, hipnotizma terimini buldu. Hipnotizma, Yunanca uyku kelimesiden geliyordu. Braid ayrıca hipnotik durumu yaratabilmek için monotonluk, ritim ve imitasyon tekniklerini de kullandı. Bu teknikler hala sıkça kullanılmaktadır.
1900’lü yıllarda birçok sayıda ameliyat öncesi anestezi ilacı bulunuyordu. Doğal olarak hastalar, ameliyat ile karşı karşıya kalınca endişeleniyorlardı. 400 hastadan 1’i ameliyat nedeni ile değil, anestezi nedeniyle ölüyordu. Dr. Henry Munro, hastalarda ameliyat korkusunu yenmek için hipnoterapiyi kullanan ilk doktordu. Munro hastalarını hipnoz ederdi ve onlara ameliyat sonrasında bile iyi hissedeceklerini söyleyerek hastaların korkularını tartışırdı. Eter, o zaman için yaygın olarak kullanılan bir anestezi maddesiydi ve Dr.Munro normalde kullanılan eterin sadece %10’unu kullanarak ameliyatı gerçekleştirebileceğini tespit etti.
Hipnoterapinin geleneksel tıp tedavileri ile birlikte kullanılması 200 yıldan fazla zaman aldı. 1955 yılında, Britanya Tıp Derneği (British Medical Association) hipnoterapiyi geçerli bir tıbbi tedavi olarak onayladı. Amerikan Tıp Derneği (AMA) de hipnoterapiyi 1958 yılında kabul etti.