İnce bağırsak kanserinin neden ortaya çıktığı halen tam olarak bilinmemektedir. Bununla beraber özellikle Crohn hastalığı, çölyak hastalığı, Peutz-Jegher sendromu gibi bazı hastalıklara sahip kilerin, sağlıklı bireylere kıyasla kanser geliştirme riskleri çok daha yüksektir. Bununla beraber kolon veya rektum kanseri olan kişilerin ve ailesinde kanser öyküsü olanların da hastalığa yakalanma riskleri diğer kişilere oranla çok daha yüksektir.