Alternatif tıp uygulayıcıları yenilen her öğüne karşılık bir bağırsak hareketinin olması gerektiğini önermektedir. Eğer bu gerçekleşmezse atıklar vücuttan tamamen atılamaz ve eğer vücuda giren maddeler vücuttan çıkanlardan fazla olursa, bir noktada mutlaka şikayet yaşanır. Vücut atıklarının tam olarak atılamaması, sonunda tortuların nerede olduğuna bağlı olarak aşağıdakilerle sonuçlanabilir:
- Sistemin ağır işlemesi
- Eklem ağrısı ve artrit
- İrritabl bağırsak sendromu
- Diverkülit
- Crohn hastalığı
- Sızıntılı bağırsak (gut) sendromu
- Kalp problemi
- Migren
- Alerjiler
- Ağız kokusu
- Akne ve sedef hastalığı gibi diğer cilt sorunları
- Astım
- Erken yaşlanma ve Alzheimer hastalığı
- Kronik yorgunluk sendromu
- Kanser, özellikle de bağırsak kanseri
- Multipl skleroz
Kolon temizleme esnasında küçük bir spekulum hastanın rektumundan bağırsaklara yönlendirilir. Bu spekulum, ısı kontrollü suyu kontrollü bir oranda (hem pratisyen, hem de hasta tarafından kontrol edilir) bağırsağa pompalayan bir makineye bağlı olan bir tüpe bağlıdır. Su ısısı ideal olarak, mümkün olduğunca vücut ısısına yakın bir derecede tutulmalıdır. Hasta geçici olarak tüm kolon seviyesine kadar su ile doldurulur. Hastalar suyu kaburgalarının altında hissedebildiklerini ifade eder ancak bu işlem, zaman zaman rahatsız edici olsa da ağrısızdır. Su miktarı değişkendir ancak genel olarak bir seferde 2 ila 6 litre arasında su kullanılır. Bu peristaltik hareketi tetikler ve hasta suyu dışkı maddesiyle birlikte yeniden tüpten geriye doğru makineye atar.
Dışkı maddesi içi görünen bir tüpten atılır ve böylece bağırsaklardan atılanlar takip edilebilir. Sıklıkla şüphelenilmeyen parazitler ile çok eski, hatta yıllardır kolonda olması muhtemel olan çok koyu renkli dışkı maddesi atılır. Bazı terapistler bunun eskimiş kauçuğa benzediğini söyler. Tedavi esnasında terapist sıkışmış dışkının hareket edebilmesi için nazikçe hastanın karnına masaj yapar. Masajın yanı sıra tortuların gevşemesi ve bağırsağın uyarılması için bazen akupresür, refleksoloji ya da lenfatik drenaj teknikleri kullanabilir. Doğru miktarda suyun kullanılması çok önemlidir, çünkü çok fazlası rahatsızlığa neden olabilecekken, çok azı yetersiz kalacaktır. Eğer doğru uygulanırsa, kolon temizleme bütünüyle ağrısızdır, hatta bazı hastalar tedavi esnasında uyumak isterler. Bu işlemde sağlık önlemlerinin alınması çok önemlidir. Tüpler ve spekulumlar genellikle tek kullanımlıktır ancak makinenin diğer görüntülü tüp gibi diğer parçaları her hastada kullanımın ardından sterilize edilmelidir.
Normalde, sıkışmış atık maddenin atılması ve bağırsak düzeninin yeniden sağlanması ile ilgili istenen sonuçlara ulaşmak için bir dizi tedavi gerekir. İlk önce sadece gaz ve son dışkı maddesi atılacaktır. Kolon duvarına yapışmış kalan dışkı genellikle yılların ihmalinin sonucudur ve terapistler bir seansta kişinin tam rahatlama bekleyemeyeceğini söyler. Sıkışmış dışkı maddesi bağırsaklarda normal olarak bulunan doğal organizmalarda dengesizliğe neden olarak disbiosis olarak bilinen duruma neden olabilir. İdeal şartlar altında bağırsakta doğal olarak oluşan çeşitli organizmalar yaşar. Bu faydalı organizmaların oluşumunu tetikleyen taze meyve ve sebzelerde bulunan enzimlerdir. İşlenmiş ve doğal olmayan gıdaların yenilmesinin sonuçlarından biri de bu doğal dengeyi bozmalarıdır ve yiyecekler bağırsakta işlenmek yerine çürümeye başlayabilir. Çürüyen madde toksik bir durum yaratarak vücut hücrelerinde kirliliğin birikmesine neden olan kabızlık gibi pek çok sağlık sorununa yol açabilir. Onarım ve atıkların atılma süreci, en iyi ihtimalle yorgunluk, enerji kaybı ve erken yaşlanma, en kötü ihtimalle de içlerinde alerjiler, hatta kanser ve Alzheimer hastalığının da bulunduğu dejeneratif hastalıklara neden olan bir zincir oluşturur. Kolon temizleme tedavisinin maliyeti farklılık gösterebilir ancak genellikle 45 dakika ila 1 saat arasında sürebilen her seansın maliyeti 60 ile 120 TL arasındadır. Makinenin kendisi 4,000 ila 12,000 USD arasında değişir ancak seansların uzman terapistler tarafından yürütülmesi gerektiği unutulmamalıdır.