Enzimler vücudun tüm kimyasal etki ve tepkilerini icra etmek için kullandığı protein molekülleridir. Vücut binlerce sayıda enzim üretir. Bunlar arasında yer alan sindirim enzimleri mide, pankreas, ince bağırsak ve ağızdaki tükürük bezleri tarafından üretilir. Enzimlerin enerji üretme nitelikleri yalnızca besinlerin sindirilmesinden sorumlu değil, aynı zamanda emilmesinden, taşınmasından, metabolize olmasından ve atılmasından da sorumludur. Enzim terapisi Edward Howell’in 1920 ve 1930’lardaki çalışmalarına dayanır. Howell besinlerden elde edilen enzimlerin midede besinin ön hazmını sağladığını ileri sürer. Vücudun sindirim için kendi enzimlerinden daha azını kullanması gerekse, metabolik dengenin sürdürülmesi için onları depolayacağını farz ederek bol miktarda bitki enziminin tüketilmesini savunur. Ön sindirime yardımcı olan bitki enzimleri dört kategoriye ayrılır: protaz, amilaz, lipaz ve selülaz. Selülaz özellikle faydalıdır çünkü vücut bunu üretemez.
Pepsin gibi domuzların midelerinden elde edilen hayvan enzimleri onikiparmak bağırsağında daha etkili olur. Bunlar genellikle sindirimle ilgili olmayan hastalıkların tedavisinde kullanılır. Besin enzimlerinin yedi kategorisi ve işlevleri şöyledir:
- Amilaz: Nişastayı parçalar.
- Selülaz: Selülozu parçalar.
- Laktaz: Laktozu (süt şekeri) parçalar.
- Lipaz: Yağları parçalar.
- Maltaz: Maltozu (malt şekeri) parçalar.
- Protaz: Proteinleri parçalar.
- Sükraz: Sükrozu (sofra şekeri) parçalar.
İnsan diyeti işlenmiş ve pişirilmiş gıdalara daha bağımlı hale geldikçe enzim teorisi de daha fazla ilgi görmüştür. Enzimler ısıya karşı çok hassastır ve 48 derecenin üzerindeki sıcaklık onları yok eder. Pastörizasyon, konserveleme ve mikrodalgalama özellikle besinlerdeki enzimler açısından zararlıdır.